Zwei Drittel bis drei Viertel der Patienten mit Morbus Crohn müssen irgendwann in ihrem Leben operiert werden. Eine Operation kann aus verschiedenen Gründen erforderlich sein. In der Regel ist sie jedoch dann angezeigt, wenn die Krankheitssymptome durch Arzneimittel nicht mehr kontrollierbar sind, wie z.B. bei einem Darmverschluss.
In diesem Fall wird das erkrankte Darmsegment entfernt (Resektion) und die beiden gesunden Enden werden in einem als Anastomose bezeichneten Verfahren miteinander verbunden. Eine Operation kann nicht als Heilung von Morbus Crohn betrachtet werden, da die Erkrankung an der Stelle der Anastomose häufig erneut auftritt.